{"id":265988,"date":"2019-04-26T12:40:11","date_gmt":"2019-04-26T11:40:11","guid":{"rendered":"https:\/\/www.fachzeitungen.de\/fachbeitraege\/?p=265988"},"modified":"2025-11-14T11:37:26","modified_gmt":"2025-11-14T10:37:26","slug":"einzigartige-datenbank-die-bisher-nicht-verfuegbare-daten-von-bakterien-und-archaeen-frei-zugaenglich-macht","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.fachzeitungen.de\/fachbeitraege\/einzigartige-datenbank-die-bisher-nicht-verfuegbare-daten-von-bakterien-und-archaeen-frei-zugaenglich-macht-10265988\/","title":{"rendered":"einzigartige Datenbank, die bisher nicht verf\u00fcgbare Daten von Bakterien und Archaeen frei zug\u00e4nglich macht"},"content":{"rendered":"<p><a href=\"https:\/\/www.fachzeitungen.de\/fachbeitraege\/einzigartige-datenbank-die-bisher-nicht-verfuegbare-daten-von-bakterien-und-archaeen-frei-zugaenglich-macht-10265988\/attachment\/364105\/#main\" rel=\"attachment wp-att-265989\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignleft wp-image-265989 size-full\" title=\"Bar Drive folgt dem FAIR-Prinzip\" src=\"https:\/\/www.fachzeitungen.de\/fachbeitraege\/wp-content\/uploads\/2019\/04\/364105-e1556278653335.jpg\" alt=\"Startseite der Datenbank\" width=\"300\" height=\"193\" \/><\/a>Aktualisierung der frei zug\u00e4nglichen Datenbank BacDive erm\u00f6glicht Zugriff auf \u00fcber 900.000 Metadaten<\/p> <p>Die Wissenschaftler Dr. Lorenz Reimer, Joaquim Sard\u00e0 und Prof. Dr. J\u00f6rg Overmann vom Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen haben mit der Aktualisierung im April 2019 die Datenbank BacDive ( https:\/\/bacdive.dsmz.de) umfassend erweitert. Bereits seit 2012 entwickeln die Bioinformatiker der DSMZ mit BacDive (the Bacterial Diversity Metadatabase) eine weltweit einzigartige Datenbank, die bisher nicht verf\u00fcgbare Daten von Bakterien und Archaeen frei zug\u00e4nglich macht. Die Entwicklung folgt dabei den FAIR-Prinzipien, nach denen wissenschaftliche Daten auffindbar, zug\u00e4nglich, interoperabel und wiederverwendbar (Findable, Accessible, Interoperable, Re-usable) sein sollen.<\/p> <p><!--more-->Mehr als 600 Datenfelder verf\u00fcgbar<\/p> <p>Die Nutzungsm\u00f6glichkeiten von BacDive werden kontinuierlich erweitert, aktuell k\u00f6nnen Wissenschaftler \u00fcber 600 Datenfelder f\u00fcr die Suche nach mikrobiologischen Informationen nutzen. Das Repertoire umfasst neben den initialen Speziesbeschreibungen und Stoffwechselprofilen auch Daten \u00fcber enzymatische Aktivit\u00e4ten und Antibiotikaresistenzen. Dar\u00fcber hinaus bietet BacDive mit 9.000 Analytical Profile Tests (API) f\u00fcr \u00fcber 5.000 bakterielle St\u00e4mme die gr\u00f6\u00dfte \u00f6ffentlich verf\u00fcgbare API-Datensammlung weltweit.<\/p> <p>Integration von externen Daten und Interoperabilit\u00e4t<\/p> <p>Um der Wissenschaft eine umfassende Datenbank bieten zu k\u00f6nnen, pflegen die DSMZ-Wissenschaftler kontinuierlich auch die mikrobiologischen Metadaten anderer europ\u00e4ischer Stammsammlungen in BacDive ein. Mit dem aktuellen Update integrierte die DSMZ beispielsweise Daten von mehr als 19.505 Bakterienst\u00e4mmen der schwedischen Sammlung Culture Collection University of Gothenburg (CCUG). Somit sind in BacDive aktuell Informationen zu 80.584 Bakterien und Archaeen abrufbar. F\u00fcr die wissenschaftliche Arbeit mit quellen\u00fcbergreifenden Datens\u00e4tzen m\u00fcssen die verschiedenen Informationsquellen m\u00f6glichst direkt \u00fcber eindeutige Identifikatoren verkn\u00fcpft sein. Dazu wurden zum Beispiel direkte Links zu der 16S rRNA Sequenz eines Bakterienstammes in der Datenbank SILVA oder zu den an Stoffwechselreaktionen beteiligten Enzymen in der Datenbank BRENDA eingerichtet. \u00dcber Verlinkungen in PubMed, NCBI Taxonomy, NCBI Nucleotide, aber auch in Speziesbeschreibungen von Wikipedia gelangen Nutzer zu den strukturierten Metadaten in BacDive.<\/p> <p>Die DSMZ ist eines der gr\u00f6\u00dften Bioressourcenzentren weltweit. Die Sammlung umfasst derzeit \u00fcber 67.000 Kulturen, einschlie\u00dflich \u00fcber 35.000 verschiedene Bakterien- und 4000 Pilz-St\u00e4mme, 800 menschliche und tierische Zelllinien, 41 Pflanzenzelllinien, 1.400 Pflanzen-Viren und Antiseren und 13.000 verschiedene Typen genomischer Bakterien-DNA.<\/p> <p><b>Kontakt<\/b><\/p> <p>Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen<\/p> <p>Sven-David M\u00fcller<\/p> <p>Inhoffenstra\u00dfe 7 B<\/p> <p>38124 Braunschweig<\/p> <p>0531-5312616300<\/p> <p>sven.david.mueller@dsmz.de<\/p> <p>http:\/\/www.dsmz.de<\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Aktualisierung der frei zug\u00e4nglichen Datenbank BacDive erm\u00f6glicht Zugriff auf \u00fcber 900.000 Metadaten Die Wissenschaftler Dr. Lorenz Reimer, Joaquim Sard\u00e0 und Prof. Dr. J\u00f6rg Overmann vom Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen haben mit der Aktualisierung im April 2019 die Datenbank BacDive ( https:\/\/bacdive.dsmz.de) umfassend erweitert. 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